Мечеть возведена султаном мамлюков по имени Аль-Муайяда Сайф ад-Дин в 1421 году после 6 лет строительства. Изначально проект задумывался как погребальный комплекс и место пятничных молитв, а также как здание для изучения законов шариата школ ханафи, шафии, малики и ханбали. Проект был полностью воплощен, а также содержал два дополнительных класса для тафсир и хадисы и два класса для декларирования Корана и правовых исследований.
В свое время мечеть султана Муайяда была одной из самых богато украшенных: мраморные этажи, колонны разных размеров и форм, два закрытых окна в марокканском или андалузском стиле, оформленные геометрическим узором и растительным орнаментом.
Внутри мечети стоит обратить внимание на библиотеку, которая известна своей коллекцией: издания из королевского архива в Цитадели, подарки от частного секретаря султана и книги, которыми высокопоставленные чиновники надеялись подкупить султана. Отдельно стоит упомянуть, что в минаретах вырезаны надписи, где указано имя архитектора и дата завершения строительства. Это большая редкость, так как в ту эпоху подобные вещи были необычны для любого инженера и архитектора.
